Le SHOM dispose d'un département de Métrologie et Chimie Océanographique (MCO) qui est chargé principalement de l’étalonnage des instruments scientifiques utilisés durant les campagnes hydro-océanographiques conduites par le SHOM, et de l’analyse des prélèvements d’eau de mer réalisés durant ces mêmes campagnes. Ces prestations peuvent être réalisées à la demande, et selon les disponibilités, pour d'autres organismes.